Automatic extraction of transcriptional regulatory interactions of bacteria from biomedical literature using a BERT-based approach

Artículo científico del área de Procesamiento de lenguaje natural para literatura biomédica que presenta un método, basado en afinar grandes modelos de lenguaje de transformers pre-entrenados tipo Bidirectional Encoder Representations from Transformers (BERT), para clasificar interacciones reguladoras transcripcionales de bacterias y extraer redes de regulación transcripcional de la literatura. El método logró un rendimiento significativo en un conjunto de datos de prueba de oraciones de Escherichia coli y logró extraer con precisión el 82 % de una red de Salmonella enterica.